Un año ha pasado desde la feroz batalla entre la humanidad y los alienígenas conocidos como Festum, y la isla de Tatsumiya finalmente vive una frágil paz. Sin embargo, esa tranquilidad se ve alterada con el repentino regreso de Kazuki Makabe, uno de los pilotos originales de los mechas Fafner, quien había desaparecido en combate.
Al mismo tiempo, una nueva amenaza se manifiesta en forma de un Festum diferente, uno que parece tener conciencia individual… y un rostro humano. Con este nuevo enemigo, las líneas entre lo humano y lo alienígena se vuelven más difusas, obligando a Kazuki y sus compañeros a enfrentar dilemas morales más profundos mientras se preparan para una nueva guerra que podría decidir el destino de ambas especies.
