Nanoha Takamachi, una estudiante de primaria común y corriente, ve su vida cambiar por completo cuando un misterioso ser herido aparece frente a ella: un joven mago llamado Yuuno Scrya, que viene de otro mundo. Yuuno le pide ayuda para recuperar unas poderosas y peligrosas reliquias conocidas como las Jewel Seeds, que se han dispersado por la Tierra y pueden causar desastres cuando entran en contacto con seres vivos.
Para asistirlo, Nanoha recibe un artefacto mágico llamado Raising Heart, que la transforma en una "chica mágica". A pesar de no tener experiencia, demuestra un enorme potencial mágico y una gran compasión. Sin embargo, pronto se enfrenta a una misteriosa y poderosa oponente: Fate Testarossa, una niña silenciosa y melancólica que también busca las Jewel Seeds, pero por razones personales y dolorosas relacionadas con su madre, Precia Testarossa.
A medida que el conflicto entre Nanoha y Fate se intensifica, también lo hace su comprensión mutua. Nanoha no quiere pelear, pero siente que debe salvar no solo el mundo, sino también a Fate de la tristeza que la consume.
